文科省は今回の調査に、過去の全国的な調査で出題したのと同じ問題を複数出して、正答率を比較した。

同一問題の正答率

　小６と中３に出されたほとんどの同一問題の正答率が、４０年以上前の全国学力調査などよりも上昇した。６４年の中学校調査で正答率２６．９％だった「はんげん」を漢字で書く問題は今回は６７．２％、同じ調査で５３．４％だった１次連立方程式を解く問題は今回７２．７％だった。

　しかし、「本をかす」を漢字で書く問題は０４年の教育課程実施状況調査の６３．１％から５９．０％に。また、６４年調査で正答率１９．６％だった「（草木が）繁茂（している）」を読む問題は、上昇したとはいえ、正しく読めた生徒は今回も３分の１以下だった。

　文科省の担当者は「『癒やし』など、社会の変化で４０年前より使用頻度が上がった言葉に関する正答率が上がったようだ。しかし、ごく一部の比較なので、この結果だけで全体を評価するのは危険だ」と話している。