学校ごとの平均正答率をみると、一部で隔たりがあるものの、大きなばらつきはない。ただし、どの科目でも数校ながら、平均正答率が１０％未満にとどまった学校もあり、最も少ない小学校国語Ａでも５校、最も多い小学校国語Ｂで２０校あった。中学数学Ｂでは全国平均の６０．６％に対し、約２％の２４９校が４０％未満で、より細かい単位で見ていくと差があることが明らかになった。

グラフ・学校間格差

　文科省は「正答率が低くなっている学校は、小規模校が多い。一部の子どもの正答率が低いと、学校全体の平均も引っ張られている可能性がある」とみているが、まだ詳細な分析はしていない。中にはより大きい学校もあり、「どの学校でも学力は重要。結果を受けて、どのような改善をはかれるのか、検討したい」としている。